Kostel Acheiropoietos byl postaven v 5. století, podle cihel a mozaiky je datován do období let cca 450 – 470. Upravován byl v 7. a znovu ve 14. – 15. století. V byzantských dobách byl známý jako Panagia Theotokos a je zasvěcen Panně Marii. Jeho současný název je poprvé doložen v roce 1320, pravděpodobně podle zázračné acheiropoietos, neboli ikoně Panagia Hodegetria, která tam byla umístěna. Acheiropoieta jsou křesťanské ikony, o kterých se věří, že vznikly zázračně, nevytvořil je člověk. Vždy se jedná o obrazy Ježíše nebo Panny Marie.
Budova je trojlodní bazilika, asi 28 m široká a 36,5 m dlouhá, s dřevěnou střechou.
Po osmanském dobytí města v roce 1430 byl Acheiropoietos prvním kostelem, který byl přeměněn na mešitu samotným sultánem Muradem II. Po celé osmanské období zůstal hlavní mešitou města pod názvem Eski Camii ("Stará mešita").
